Les mutants poursuivent leur lutte contre une société qui les craint et se méfie d'eux. Leur cause devient d'autant plus désespérée qu'un assaillant, encore inconnu et qui possède des pouvoirs extraordinaires, vient de commettre un incroyable crime. Cette attaque choquante relance la polémique sur l'Acte d'Enregistrement des Mutants et le mouvement anti-mutant dirigé à présent par William Stryker, un ancien commandant de l'armée devenu riche et qui selon la rumeur, aurait mené des expériences sur les mutants. Le 'travail' de Stryker sur les mutants est en quelque sorte lié au mystérieux et lointain passé de Logan. Alors que Wolverine recherche des informations sur ses origines, Stryker met en route son programme anti-mutant en lançant une attaque sur le manoir de Xavier. Magneto, fraîchement sorti de sa prison de plastique, propose aux X-Men de les aider à combattre leur redoutable ennemi commun: Stryker. Avec le sort de Xavier, de l'humanité et de tous les mutants entre leurs mains, les X-Men font face à la plus dangereuse mission qu'ils aient jamais eue à remplir !