Synopsis : L'histoire se passe au présent. Seul un petit groupe d'astrologues et de fanatiques de science-fiction croit en l'existence de formes de vie extra-terrestres. Mais il ne faut pas toujours se fier aux apparences. Une organisation ultra-secrète, les MiB (les Hommes en Noir), surveille depuis 30 ans les activités des extra-terrestres. Non pas sur d'autres planètes, mais sur la Terre. Dirigée par l'agent 'K' (Tommy Lee Jones), cette organisation sert de bureau d'immigration galactique dans le but de contrôler le nombre croissant d'extra-terrestres visitant notre planète. Les clandestins sont immédiatement expulsés. Pour éviter que le public ne découvre la présence des extra-terrestres, ces derniers doivent prendre une apparence humaine quand ils se mêlent aux terriens. Jusqu'à présent, les MiB ont réussi à garder le secret et à sauvegarder la paix dans l'univers.