Synopsis : L'histoire se déroule en 2029 dans un monde futuriste et dystopique de type cyberpunk. Le major Motoko Kusanagi et son collègue Batou, deux cyborgs, travaillent dans l'unité spéciale anti-terroriste du gouvernement (la section 9) de New Port City au Japon. Au cours d'une de leurs enquêtes, ils sont chargés de capturer un redoutable pirate informatique, insaisissable, connu seulement par son pseudonyme de « Puppet Master » (le « Marionnettiste »). La traque se déroule sur fond de « guerre des services » de la section 9 face à la section 6, une unité rivale, cette dernière s'intéressant aussi au Puppet Master dans le cadre d'un projet mystérieux, le « Projet 2501 ».