Alors que l’équipage de l’Enterprise rentre à sa base, il doit faire face à des forces terroristes impitoyables au sein même de leur organisation. Celles-ci ont fait exploser la flotte et tout ce qu’elle représente, plongeant notre monde dans un état de crise. Animé par une vengeance personnelle, le capitaine Kirk livre une véritable chasse à l’homme dans un monde en guerre pour capturer un homme qui est à lui seul une arme de destruction massive. Tandis que nos héros sont propulsés dans un jeu d’échec mortel, l’amour sera menacé, des amitiés seront brisées et des sacrifices devront être faits dans la seule famille qui reste à Kirk : son équipe.